Учреждение имеет свою символику - эмблему. Эмблема представляет собой щит треугольной формы слегка с изогнутыми наружу сторонами. Края щита золотистого цвета с небольшим оттенком темного. На щите изображён летящий орлан - белохвост держащий в лапах пойманную рыбу, на заднем плане щита голубое небо и вид речной поймы (река и речные острова) с высоты птичьего полета. В верхней части герба на фоне голубого неба надпись прописными буквами «АСТРАХАНСКАЯ ОБЛАСТЬ». В нижней части щита надпись прописными буквами «СЕВЕРНЫЕ ОСОБО ОХРАНЯЕМЫЕ ПРИРОДНЫЕ ТЕРРИТОРИИ». В нижней части щита, с двух сторон расположены ветви дуба.
Эмблема в виде щита символизирует защиту, на данной эмблеме - защиту природы, животных и растений. Изображенный на щите летящий орлан - белохвост занесен в Красную книгу Астраханской области, а его местообитания является как Волго-Ахтубинская пойма, так и степные участки Астраханской области. Орлан-белохвост в данном изображении символизирует надежность и силу в защите природы, а ветви дуба расположенные по краям щита подчеркивают охраняемые дубравы, находящиеся в северных ООПТ Астраханской области, на заднем фоне эмблемы изображена река с множественными островами, которая символизирует Волго-Ахтубинское междуречье.
Описанная эмблема может использоваться на печатных бланках, транспортных средствах, рабочей и форменной одежде Учреждения, в качестве фирменного стиля при организации и проведении мероприятий направленных
на сохранение природы и пропаганде знаний в области охраны окружающей среды, в том числе третьими лицами исключительно с согласия Учреждения, а так же в других случаях в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации.
